A obra é dividida em três partes que se ligam e se completam: O mestre José Amaro, O engenho do Seu Lula, e O Capitão Vitorino.
O mestre José Amaro:
É relatada a vida do seleiro José Amaro, homem do sertão que vivia nas terras do Engenho Santa Fé com a família: a mulher Sinhá e a filha. Trabalhando em frente de sua casa, o mestre recebe visitas freqüentes: seu compadre Capitão Vitorino, que os moleques chamavam de "Papa-Rabo" quando este passava com seu burro pelas estradas, o que lhe causava tremenda fúria. Também recebia o negro Passarinho, o cego Torquato, entre outros. Sua vida, na verdade, é marcada pela desilusão e frustração com a vida e com a família. A dor de não ter tido um filho homem para ensinar sua profissão faz com que mestre Amaro convive amargamente com a mulher e com a filha que não consegue se casar e que aos poucos enlouquece. Intimado pelo Coronel Lula, dono do engenho, a deixar suas terras, José Amaro torna-se ainda mais revoltado e fechado dentro de si, tornando difícil o convívio familiar dentro de sua casa. Passa a andar pela noite e, para sua maior tristeza, começa a ser chamado de lobisomem pelo povo. Vê na figura do cangaceiro Antônio Silvino a solução e a salvação dos oprimidos como ele, e resolve ajudá-lo.
O Engenho do Seu Lula:
Essa segunda parte nos remete ao passado e nos conta sobre a formação do Engenho Santa Fé. Desbravado pelo Capitão Tomás Cabral de Melo, o engenho viveu seu apogeu durante toda a sua vida. Casado com uma mulher de nome Mariquinha, Capitão Tomás teve duas filhas: Amélia e Olívia. A primeira casou-se com Luís César de Holanda Chacon, o Seu Lula, enquanto Olívia enlouquecera. Após a morte do Capitão Tomás, o engenho entrou em decadência nas mãos do genro, que aos poucos empobrece e vai se tornando cada vez mais doente e imprestável, como o próprio negócio que nunca soube cuidar.
O Capitão Vitorino:
A terceira parte da obra começa com as constantes brigas entre Antônio Silvino e seus cangaceiros contra as tropas do Tenente Maurício. Seu Lula dá um ultimato a José Amaro, para que esse deixe logo suas terras. Surge imponentemente a figura do Capitão Vitorino, compadre de José Amaro, uma espécie de herói à moda de Don Quixote, que tem fortes interesses políticos e se põe nas causas nos oprimidos. Como Seu Lula não quis ouvir os argumentos de Vitorino, a solução de José Amaro foi o auxílio do cangaceiro Antônio Silvino. Sem a filha, que fora para o hospício, e sem a mulher, que o abandonara, só lhe resta apoiar e ajudar o cangaço. Os cangaceiros invadem o Engenho Santa Fé e a permanência de José Amaro é assegurada. O tenente Maurício, na busca incessante por Antônio Silvino, prende José Amaro, maltratando-o e surrando-o. Vitorino tenta salvar seu compadre e acaba preso também, sendo solto pelo seu primo, o Coronel José Paulino.
José Amaro é também solto e volta pra casa, onde acaba se matando com uma faca, enquanto o engenho do Santa Fé pára de produzir de vez. Está enfim de "fogo morto".