Nos idos do século XVII, às margens do Rio Paquequer, na Serra dos Órgãos, vive o fidalgo português D. Antônio de Mariz. Sua família é pequena: sua mulher D. Laureana, seu filho Diogo, sua filha Cecília (Ceci) e sua sobrinha Isabel (na verdade sua filha). Havia ainda dentre os empregados e amigos, figuras como Aires Gomes (fiel empregado de D.Antônio), um aventureiro italiano de nome Loredano (ex-padre que matou um companheiro para obter um mapa das famosas minas de prata que haviam na região, e que alimentava incontido desejo pela filha do fidalgo), além de Álvaro, jovem apaixonado por Ceci que, logo percebendo a indiferença da menina, entrega-se aos encantos de Isabel. Vivia também entre eles o índio Peri, guerreiro goitacá que havia salvo a vida de Ceci e acabou vivendo junto a família, servindo à moça com tamanha devoção e paixão.
A trama começa quando Diogo, durante uma caçada, mata sem querer um índia aimoré, o que provoca a ira de toda a tribo. Os ataques de vingança não tardam, e pouco tempo depois Cecília e Isabel quase são vítimas de suas flechas, enquanto se banhavam no rio. O ataque tramado por dois selvagens aimorés só não se concluiu devido a coragem e a devoção de Peri, que os matou a tempo. O jovem índio, aliás, evitou também uma tentativa de rapto que sua jovem senhora sofreria nas mãos de Loredano. O aventureiro italiano, junto a seus comparsas, tramava o rapto de Ceci e a ruína da família de D. Antônio.
Os aimorés apertam o cerco contra a casa, e Peri descobre um meio de salvar sua amada e toda a família do ataque da tribo inimiga: ingere uma dose muito forte de veneno e entra na batalha sem defesa alguma. Sua idéia era ser morto ou aprisionado e, por seguinte, ter sua carne devorada por todos os indígenas, o que causaria a morte em massa da tribo. O plano só não dá certo porque Álvaro consegue salvá-lo, já cativo dos selvagens. De volta à casa de D. Antônio, Peri sente os primeiros sintomas do veneno e parte em busca do antídoto. Na volta, traz o corpo de Álvaro, morto em combate. Isabel, em ato de desespero, suicida-se na cama junto a seu amado.
Loredano continua com seus planos contra D. Antônio, mas logo é capturado e condenado à morte. Isso de nada serve para agradar o velho fidalgo português e sua família, já que a ameaça dos aimorés aumenta e pede uma drástica e trágica solução: explodirem a casa e morrerem como verdadeiros cristãos. Peri, no entanto, se oferece para salvar Ceci, que está desacordada devido a uma bebida dada pelo próprio pai. D. Antônio aceita sob uma única condição: que o jovem índio se torne cristão e leve Ceci até a casa da tia no Rio de Janeiro. Peri aceita, é batizado, e foge com a jovem adormecida, enquanto a casa explode.
Ceci acorda algum tempo depois e sabe do ocorrido. Movida de paixão por Peri e triste pelo fato de que o jovem índio não ficaria com ela na casa da tia no Rio de Janeiro, decide ficar vivendo com ele. Cai uma tempestade violenta que faz as águas do rio subirem de forma perigosa, o que os obriga a subir numa palmeira. O perigo aumenta, e Peri arranca a palmeira da terra, fazendo dela uma canoa. A narrativa termina com a imagem de ambos sumindo rio abaixo no horizonte, onde a descrição de um beijo sugere uma possível união.